Tokio JR leży w samym sercu japońskiej sieci kolejowej, jak wspomniano na mapie JR Tokio, obsługując dużą część międzymiastowych połączeń kolejowych (w tym szybkie linie kolejowe Shinkansen) i podmiejskie połączenia kolejowe. Nadal istnieje silne rozróżnienie pomiędzy JR a innymi prywatnymi przedsiębiorstwami kolejowymi; na przykład na mapach JR Tokio te dwa przedsiębiorstwa są na ogół różnie oznaczane.

 

Grupa JR Tokyo składa się z siedmiu spółek operacyjnych i dwóch innych spółek, które nie świadczą usług kolejowych, jak można zobaczyć na mapie JR Tokio. Spółki operacyjne w JR Tokyo są zorganizowane w sześciu operatorów pasażerskich i ogólnokrajowego operatora towarowego. W przeciwieństwie do niektórych innych grup spółek, grupa JR Group Tokio składa się z niezależnych spółek i nie posiada centrali grupy ani holdingu, który ustalałby ogólną politykę biznesową.

 

Aby objąć różne obszary działalności niezwiązane z koleją, każdy z operatorów regionalnych w Tokijskiej Grupie JR ma swoją własną grupę spółek zależnych o nazwach "JR East Group" i "JR Shikoku Group", jak pokazano na mapie JR Tokio. JR Tokyo utrzymuje ogólnokrajową sieć kolejową, a także wspólne zasady sprzedaży biletów, które odziedziczył po JNR. Pasażerowie mogą podróżować przez kilka spółek JR bez przesiadki i bez konieczności zakupu osobnych biletów. Jednakże, pociągi jeżdżące przez granice spółek JR zostały ograniczone.